影响Fenton试剂处理难降解有机废水的因素包括pH值、H2O2投加量、催化剂投加量和反应温度等。
    （1）pH值
    Fenton试剂是在pH值是酸性条件下发生作用的，在中性和碱性环境中，Fe2+不能催化H2O2产生羟基自由基。按照经典的Fenton试剂反应理论，pH值升高不仅抑制了羟基自由基的产生，而且使溶液中的Fe2+以氢氧化物的形式沉淀而失去催化能力。当pH值过低时，溶液中的H+浓度过高，Fe3+不能顺利地被还原为Fe2+，催化反应受阻。即pH值的变化直接影响到Fe2+、Fe3+的络合平衡体系，从而影响Fenton试剂的氧化能力。一般废水pH值在3左右，降解率较高。
    （2）H2O2投加量
    采用Fenton试剂处理废水的有效性和经济性主要取决于H2O2的投加量。一般地，随着H2O2用量的增加，有机物降解率先增大，而后出现下降。
    （3）催化剂投加量
    七水硫酸亚铁FeSO4·7H2O是催化H2O2分解生成羟基自由基最常用的催化剂。与H2O2相同，一般情况下，随着Fe2+用量的增加，废水COD的去除率先增大，而后呈下降趋势。其原因是：在Fe2+浓度较低时，Fe2+的浓度增加，H2O2产生的羟基自由基增加，所产生的羟基自由基全部参与了与有机物的反应；当Fe2+的浓度过高时，部分H2O2发生无效分解，释放出O2。
    （4）反应温度
    对于一般的化学反应，随着反应温度的升高，反应物分子平均动能增大，反应速率加快。对于Fenton反应系统，温度升高，羟基自由基的活性增大，有利于羟基自由基与废水中有机物的反应，可提高废水COD的去除率；当温度过高时，会促使H2O2分解为O2和H2O，不利于羟基自由基的生成，反而会降低废水COD的去除率。